Tout ce que l’on ne nous dit pas sur les tests PCR. « Epidémie de tests »

« Ce n’est pas une épidémie de covid-19 que nous vivons, mais une épidémie de tests » déclare le Dr Laurent Toubiana épidémiologiste.

Ces fameux tests PCR qui étaient absents en mars deviennent critiques en septembre au point d’engendrer des queues et des files d’attentes incroyables. L’IHU de Marseille a depuis le début de l’épidémie mis en place une politique sanitaire claire de dépistage afin d’identifier, d’isoler et de traiter les malades en tout début d’infection.  Dépister est donc essentiel.  Encore faut-il savoir détecter et comment détecter ?

Qu’est-ce qu’un test PCR et comment fonctionne-t-il ?

Dans un article précédent, nous évoquions le fonctionnement et l’interprétation d’un test PCR

Un test PCR Covid négatif est à interpréter en fonction de la présence de symptômes ou pas :

• Si le patient est asymptomatique, il peut ne pas avoir été infecté, ou être au tout début de la phase d’incubation. Idéalement, il faudrait refaire un test PCR quelques jours plus tard.
• Si le patient est symptomatique, il faut alors faire un test PCR sur une expectoration ou sur le LBA (liquide broncho alvéolaire), car le virus migre rapidement des voies respiratoires hautes vers les poumons, idéalement doublé d’un scan thoracique pour confirmer le diagnostic.

La sensibilité d’un test PCR

Le CT est le « seuil de cycle » qui représente le nombre de cycles utilisé par la machine pour détecter l’ARN du virus. « Les techniques analytiques de RT-PCR permettent, pour certaines, de rendre un résultat numérique semi-quantitatif appelé Ct permettant d’estimer approximativement la charge virale. Cette valeur est généralement comprise entre 10 et 45 et est inversement proportionnelle à la charge virale : plus la valeur de Ct est élevée, plus la charge virale est faible ».

La SFM (société française de microbiologie) a émis un avis ce 25 septembre au sujet des tests suite à la saisine de la DGS (direction générale de la santé) en date du 11 septembre 2020. Le Directeur Général (Pr Jérôme SALOMON) et la conseillère médicale Dr Bernadette WORMS (cellule de gestion de crise sanitaire) de la DGS ont demandé à la SFM en lien avec le Centre National de Référence (CNR) des Virus respiratoires d’émettre un avis concernant l’interprétation de la valeur de Ct (cycle threshold, estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques respiratoires réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage.

Que dit l’avis du 25 septembre de la SFM ?

Tout d’abord on peut noter que la SFM recommande de ne pas donner la valeur du CT aux médecins traitants. Ce qui déjà en soi est surprenant, puisque le médecin n’aura pas l’information de la précision de mesure du test utilisé.

En second lieu, on remarque l’interprétation des seuils en fonction du nombre de souches détectées.  En effet le test fonctionne en recherchant les diverses souches du virus.  Cela se traduit par la recommandation suivante :

• Seuls les tests PCR avec Ct inférieur ou égal à 33 (et que 3 cibles souches sont détectées) indiquent une « infection COVID »,
• Pour un CT supérieur à 33 indiquer « positif faible »,
• Pour un CT supérieur ou égal à 37 indiquer « Négatif »

Ne pas donner le CT au médecin, c’est un peu comme omettre le degré de sensibilité de recherche de la machine. Prenons un exemple avec une alarme de détection d’incendie, ce détecteur se déclenche en fonction de la température ou de diminution de l’intensité lumineuse.  Chacun pourra comprendre que le détecteur doit prendre en considération ces facteurs afin de déterminer s’il y a un risque d’incendie ou pas.  Si le seuil de déclenchement lié à la température est trop bas, il se peut que vous soyez alerté trop souvent. De même si le seuil de détection de baisse d’intensité lumineuse est trop sensible la fumée de cigarette pourrait déclencher l’alarme.  Il est donc nécessaire de connaitre les divers seuils pour détecter l’incendie.

En ne donnant pas le CT au médecin, on ne lui donne pas la métrique permettant d’évaluer la sensibilité du seuil et de mal évaluer le risque patient. En d’autres termes, si l’alarme incendie est trop sensible vous risquez de voir débarquer les pompiers trop souvent chez vous ou d’identifier des patients à risque alors qu’il n’y en a pas.

En l’occurrence en ce moment en ajustant la sensibilité des tests à un seuil trop élevé on peut identifier des cas qui ne sont pas vraiment malades.

La SFM est d’ailleurs très précautionneuse dans son rapport sur l’interprétation des tests

Comme tout résultat biologique, l’interprétation qui doit en être faite pour estimer le risque infectieux doit prendre en compte divers paramètres tels que :

Et ajoute qu’il convient de limiter au maximum les analyses de RT-PCR SARS-CoV-2 itératives chez les individus ne présentant pas de formes graves et de privilégier les stratégies de levée d’isolement selon une approche clinique prenant en compte les délais de précautions recommandées.

La communauté scientifique internationale semble préconiser que seuls les PCR positifs avec un CT

A l'heure actuelle en France avec le seul fixé à 40 ou 42, nous detectons donc des personnes non malades à grand coût puisqu'avec un million de tests par semaine coutant 70 euros chacun, nous gaspillons potentiellement 70 millions d'euros.

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Les tests PCR font encore parler d’eux et remettent en cause la politique sanitaire française

Après la baisse du taux d’incidence du virus en Espagne, objet d’un article précédent, et la controverse hier sur la différence qui existe en les chiffres de l’ARS des Bouches-du-Rhône et la Direction Générale de la Santé, c’est aujourd’hui le seuil de cycles en France qui est en question. Plus particulièrement en fonction du type de réactifs utilisés, dont les dotations se font au niveau européen.

Rappelons que le seuil de cycles (Ct pour « cycle threshold ») est le nombre de cycles utilisé par la machine pour détecter le virus.  Plus ce chiffre est élevé, plus la sensibilité de la machine à la détection du virus est forte. Les professeurs Raoult et Yazdanpanah étaient d’accord pour faire usage d’un seuil de cycles entre 30 et 35 afin de ne pas mesurer de faux positifs ou des patients porteurs de résidus d’ARN du virus dans leurs fosses nasales.

Lors d’un de nos articles précédents, nous avions fait état que le seuil de cycle utilisé était de 42, ce qui avait deux conséquences. La première est la détection d’un grand nombre de personnes non malades. La seconde plus préoccupante est liée à la capacité de détection et au nombre de tests.  En effet à 1 million de tests par semaine et un seuil de cycle élevé, non seulement on détecte des personnes non malades mais notre capacité à tester et par là même à obtenir les résultats en temps utiles (24 heures) est affectée. Ceci entraîne donc une réelle perte de chance pour les patients qui sont vraiment malades puisque ces derniers doivent non seulement attendre pour prendre un rendez-vous mais aussi attendre pour obtenir leurs résultats souvent au-delà du nombre de jours de la période virale.

Les dernières publications médicales de référence à ce sujet sont alarmantes sur la nécessité de relier le résultat d’un test PCR à l’examen clinique avant d’affirmer qu’une personne est malade. En d’autres termes, une personne asymptomatique avec une PCR positive pourrait être diagnostiquée non malade.  Ce qui entraîne un biais dans les statistiques des taux d’incidence qui mesurent des personnes non malades pour deux raisons : la première, le seuil de sensibilité des tests trop élevé donne des résultats trop sensibles. La seconde, conséquence de la première on détecte donc des gens non malades qui viennent gonfler les statistiques.  De plus une autre publication s’interroge sur la nécessité de rechercher un quatrième gène cible du SARS Cov2 afin que les tests soient plus fiables et offrent ainsi une détection plus spécifique de la Covid-19.

La baisse du seuil de cycles effective en France pour certains labos

Nous avions observé l’effet d’une possible baisse du seuil de cycle en Espagne sur le nombre de cas dépistés.

Aujourd’hui, nous avons obtenu des documents qui montrent que ce seuil de détection vient aussi d’être diminué en France au moins dans une série de laboratoires. Suite à l’avis de la Société Française de Microbiologie (SFM) dans son rapport rendu le 25 septembre 2020, le seuil de cycle d’excrétion virale significative qui était de 40 vient d’être porté à 36 pour certains labos précités. Cependant l’avis de la SFM, qui est laissé à l’interprétation du biologiste, préconisait un seul de détection indicatif de 33.

Le taux d’incidence devrait avoir une baisse mécanique.  Ce qui entraînerait un taux de détection inférieur et permettrait d’envisager de résorber le retard pris dans les laboratoires.  A l’avantage des vrais malades.

En conséquence, certains laboratoires ont utilisé pendant une période un niveau de détection plus fin que les autres créant des disparités inter laboratoires se traduisant en un nombre de cas positifs plus élevés ainsi que les taux d’incidences agrégés en France.

Ces chiffres utilisés pour suivre l’épidémie et décider des mesures sanitaires sont donc surévalués.  Dans ce schéma d’une étude publiée dans BMJ, qui schématise ce qui arrive à 100 personnes.  Avec les erreurs de mesures sur les tests on se retrouve à la fin avec des personnes à qui on dit vous pouvez sortir, mais qui sont porteuses du virus et qui vont donc infecter d’autres personnes sans le savoir, au même titre que l’on va dire à certains de s’isoler alors qu’ils pourraient sortir.

Entre le 36, qui était l’adresse de la PJ Quai des Orfèvres, et le 33 choisi par les médecins parce qu’il provoque des vibrations de la cage thoracique qui permettait de discerner l’état des poumons au siècle dernier, il est clair que l’on ne parle pas de la même chose !